ATOKをWindowsの既定の言語に設定していても、Windowsにログオンしたときに、ATOK以外の日本語入力システムになる場合は、次の操作を行って改善されるかお試しください。
I Windows 7の場合
■操作
- Windowsの［スタート］ボタンをクリックし、［コントロールパネル-時計・言語・および地域-地域と言語］を選択します。
- ［管理］シートを選択して、［設定のコピー］をクリックします。
- ［ユーザーアカウント制御］ダイアログボックスが表示されたら、［はい］または［続行］をクリックします。管理者アカウント以外でログオンしている場合は、管理者アカウントのユーザー名やパスワードを入力し、［はい］または［OK］をクリックします。
- ［ようこそ画面とシステムアカウント］をクリックして
にします。 - ［新しいユーザーアカウント］をクリックして にします。
- ［OK］をクリックします。
- ［地域と言語］ダイアログボックスを［OK］をクリックして閉じます。
- Windowsを再起動します。
◆補足
上記の設定を行うと、Windowsのようこそ画面のキーボードレイアウトと表示言語が更新されます。
Windowsの初期設定に戻す場合や、上記の操作をしても改善しない場合は、再度、上記の操作を行い、操作4.で［ようこそ画面とシステムアカウント］をクリックして 
にし、操作5.で［新しいユーザーアカウント］をクリックして にします。
II Windows Vistaの場合
■操作
- Windowsの［スタート］ボタンをクリックし、［コントロールパネル］を選択します。
- ［時計・言語・および地域-地域と言語のオプション］をクリックします。
- ［管理］シートを選択して、［予約されたアカウントへコピー］をクリックします。
- ［ユーザーアカウント制御］ダイアログボックスが表示されるので、［続行］をクリックします。
管理者アカウント以外でログオンしている場合は、管理者アカウントのユーザー名やパスワードを入力し、［OK］をクリックします。
- ［システムアカウント（ローカルシステム、ローカルサービスおよびネットワークサービス）］をクリックして にします。
- ［OK］をクリックします。
- ［地域と言語のオプション］ダイアログボックスを［OK］をクリックして閉じます。
- Windowsを再起動します。
◆補足
上記の設定を行うと、Windowsのようこそ画面のキーボードレイアウトと表示言語が更新されます。
Windowsの初期設定に戻す場合や、上記の操作をしても改善しない場合は、再度、上記の操作を行い、操作5.で［システムアカウント（ローカルシステム、ローカルサービスおよびネットワークサービス）］をクリックして にします。
III Windows XPの場合
■操作
- Windowsの[スタート]ボタンをクリックし、［コントロールパネル］を選択します。
- ［日付、時刻、地域と言語のオプション-地域と言語のオプション］をクリックします。
- ［詳細設定］シートを選択します。
- ［既定のユーザーアカウントの設定］の［すべての設定を現在のユーザーアカウントと既定のユーザープロファイルに適用する］をクリックして にします。
- ［OK］をクリックします。
- Windowsを再起動します。
◆補足
上記の設定を行うと［地域と言語のオプション］で選択した設定が、自分のユーザーアカウント、およびコンピュータ上に新たに作成したすべてのユーザーアカウントに適用されます。Windowsの初期設定に戻す場合や、上記の操作をしても改善しない場合は、再度、上記の操作を行い、操作4.で［すべての設定を現在のユーザーアカウントと既定のユーザープロファイルに適用する］をクリックして にします。