カーソル位置で点滅する■は、入力モードの表示です。
具体的には、"アプリケーションを切り替えた場合"や"入力モードを変更した場合"に、日本語入力・CAPSロックの状態をカーソル位置に表示します。
現在設定している入力モードを■で確認できるため、ATOKパレットへ視線を移動することなくスムーズに入力を行うことができます。
■と入力モードの関係は、以下の表でご確認ください。

入力モード表示 日本語入力・CAPSロックの状態 ATOKパレットの表示例 それぞれのモードで "JUSTSYSTEM"と入力した場合 日本語入力ON・英小 じゅｓｔｓｙｓてｍ 日本語入力OFF・英小 justsystem 日本語入力ON・英大 じゅＳＴＳＹＳてＭ 日本語入力OFF・英大 JUSTSYSTEM 日本語入力ON・カナ まなとかとんとかいも 日本語入力OFF・カナ マナトカトントカイモ

上記表について

※ATOKパレットに[半角]と表示されている場合、上記表の日本語入力OFFの状態で入力されます。
※上記表の「入力モード表示」は、入力モードの設定を「簡易表示」を選択した場合の表示です。
「詳細表示」を選択した場合の表示はヘルプでご確認ください。

1. ATOKパレット上で右クリックし、[ヘルプ-ヘルプ］を選択する。
   
2. [キーワード]シートを選択し、「入力モード表示」と入力し、[Enter]キーを押して確定する。
   
3. 「カーソル位置に入力モードを表示する」を選択し、[表示]をクリックする。
   
4. [関連項目]の「入力モード表示の種類一覧」を選択する。

[補足]

「入力モード表示」を設定する方法

1. ATOKパレット上を右クリックし、[プロパティ(環境設定]を選択する。
   
   
2. [入力・変換]シートの[設定項目]「入力補助」を選択する。
   
   
3. [カーソル位置に入力モードを表示]で、「簡易表示」・「詳細表示」を選択する。

[注意]

アプリケーションによっては、「簡易表示」「詳細表示」 に設定していても、表示されない場合があります。
一太郎9〜11では、以下の設定が有効になります。

• 一太郎11
  [ツール-オプション-オプション]-[入力-漢字入力]グループの「ATOK入力モードを表示する」
  
• 一太郎10
  [ツール-オプション-オプション]-[操作環境]シートの[ATOK入力モード]
  
• 一太郎9
  [ツール-オプション-オプション]-[操作環境]シートの[ATOK入力モードをマーク表示する]
  

[参考FAQ]

キー操作で「英小」「英大」「カナ」を変更する方法
カーソル位置で点滅する■を表示したくない