1. 「き」を入力する。

2. スペースキーで変換候補を表示させる。(下記の様な候補ウィンドウが表示)

   
   

   １．期　　 　　２．機　　 　　３．紀　　 　　４．来　　 　　５．気　　 　　６．貴

   ２／７３　▲▼

3. カーソルが[5.気]にある状態で、次に「ぬ」を入力するために、[ESC]キーの右横の数字の[1(ぬ)]のキーを押す。

4. [期]が確定され、「ぬ」を入力することができない。

◆原因

ATOK9では全候補表示([CTRL]+スペースキーを押して変換)の機能があり、一度に10個以上の候補を表示することを可能にしました。そのため、数字キー(0〜9)以外の文字キーも候補選択キーとして、有効になります。
全候補表示を行わない場合も、同じ処理になっているため、未確定状態の文字がある場合に、続けて文字を入力することはできません。

◆対処方法

[JUSTSYSTEMアプリケーション-JS環境設定-ATOK設定-入力・変換]を選択し、[表示方法:横並び]/[表示位置:最下行]に設定します。この場合、ATOK8の仕様をそのまま引き継ぐため、カーソルがあった位置の候補が確定され、押したキーのかなを入力することができます。