同期の対象となる辞書は、基本辞書セットの「ユーザー辞書」です。
基本辞書セットとは、スペースバーを押して変換するときに使用する辞書セットのことです。

◆補足

使用している環境のユーザー辞書が存在する場所はファイル名は、以下の方法で確認できます。

1. ATOKが使用できる状態で、入力メニュー ^*1をクリックし、［環境設定］を選択します。

   ATOK環境設定が起動します。

   *1ご使用のOSによっては、えんぴつメニューです。

2. ［辞書・学習］シートを選択します。
3. ［辞書セット一覧］から基本辞書セットを選択します。

   辞書セット名の前に が付いているのが基本辞書セットです。

4. ［学習］の［詳細設定］をクリックします。
5. ［ユーザー辞書設定］の［ユーザー辞書］を確認します。

   ここで設定されているのが、同期の対象になる基本辞書セットのユーザー辞書です。ユーザー辞書が存在する場所を確認したい場合は、［変更］をクリックします。