旧バージョンのアレンジOK！素材集がセットアップされている環境に、アレンジOK！素材集2をセットアップしても問題はありません。そのままセットアップすることができます。
アレンジOK！素材集2には、旧バージョンの素材が全て含まれていますので、あとから旧バージョンを削除していただいても問題ありません。
また、これまでに作ったファイルは、そのままアレンジOK！素材集2から呼び出して使うことができます。