サムネイル画像を作成しても、既存のファイルが上書きされるようなことはありません。
ホームページ・ビルダーのサムネイル作成機能を利用して挿入すると、そのページを保存する際に、使用したサムネイル画像ファイルに「XXXXXX_thumb.XXX」という名前が付きます。そのページを保存するフォルダ内に既にその画像ファイルが存在している場合には、「XXXXXX_thumb_*.XXX」 (* は数字) と付いたサムネイルのファイルが別途に自動生成されるため、既存のファイルが上書きされるようなことはありません。