複製するサイトのトップフォルダの中に複製先のフォルダを指定することはできません。
他のフォルダを指定し、複製してください。

【例】
サイト名：料理のサイト
トップページ ：「C:\Documents and Settings\Owner\My Documents\homepage\index.htm」

この場合はトップフォルダが「homepage」になり、「homepage」内にサイトの複製先フォルダを作成しようとすると「複製先にトップフォルダ下のフォルダを指定することはできません」と表示され、サイトが複製されません。

【正しい複製場所の例】
「C:\Documents and Settings\Owner\My Documents\複製フォルダ名」