Eメールなど、ご使用のアプリケーションによっては、入力・確定した文字にアンダーラインが表示される場合があります。
入力した文字の表示については、ATOKでの入力を受けてアプリケーション側で処理されているため、表示状態をATOKで変更することはできません。
他のアプリケーションで入力した文字列を現象が発生するアプリケーションに貼り付けてご利用ください。

※OSが更新された際にアプリケーション側で改修されるケースもあります。端末のソフトウェアアップデートなどがある場合はお試しください。