ATOKをインストールしたあと、Windowsを再起動したデスクトップ上では、まだATOKは利用できません。
自動的にスタートアップツールが起動するので、スタートアップツールを、必ず最後まで実行してください。
スタートアップツールを終了したあとに起動したアプリケーションから、ATOKが利用できます。

◆補足

デスクトップ上でATOKを利用するには、スタートアップツールを実行後、Windowsを再起動します。