『このページにはセキュリティで保護されている項目と保護されていない項目が含まれています。保護されていない項目を表示しますか?』
というダイアログは、そのページの中に、SSLでない（http://〜から始まるURL）スクリプトや画像（アクセス解析用のタグやコンバージョン測定用のタグ等）が含まれていることが原因です。

SSLのページ(https://〜)内に非SSLのURL(http://〜から始まる画像や解析タグなど)が設置されていると、1つのページ内にSSLで暗号化された情報(https://〜)と暗号化されていない情報(http://〜)が混在する状態となるため、このようなセキュリティ警告が表示されます。

「カートの中画面」など、SSL対象のページ内には、「http://〜」から始まるURLの画像やスクリプトではなく、すべて「https://〜」から始まるURLのものを設定すれば、セキュリティ警告は表示されなくなります。