ATOK設定で文字削除キーをクリアに設定していても、アプリケーションによっては有効にならなかったり、全削除ができない場合があることを確認しています。
これらの現象はアプリケーション側の問題と考えられます。設定が有効にならない場合は、カーソル位置を適宜変更して、文字を削除してください。