JUST PDF 4 [編集]やJUST PDF 4 [編集プラス]では、PDFレイヤーに対応していません。
ただし、PDFレイヤーを設定したファイルを開いた場合、非表示に設定されたレイヤーは表示されない状態で読み込まれます。

※JUST PDF 4 [高度編集]では、レイヤーの表示／非表示の切り替え、レイヤーの名前変更、結合およびフラット化、レイヤーのプロパティの変更を行なうことができます。