旧バージョンのATOKがインストールされている環境（ジャストシステム商品がインストールされている環境）に、ATOK Pro 6をインストールしても問題ありません。
旧バージョンを削除しておく必要はありません。
◆補足
インストール中に削除できるのは、ATOK Pro 5、ATOK Pro 4、ATOK Pro 3、ATOK Pro 2、ATOK Pro、ATOK Medical 3、ATOK Medical 2、ATOK Medical、ATOK (Tech Ver.33 〜31)、ATOK 2017〜ATOK 2011です。これらを利用していた場合は、ATOK Pro 6のインストールの際に、旧バージョンを削除するかどうかの確認メッセージが表示されます。
※旧バージョンのATOKを削除しても、ATOK Pro 6をインストールしたあとに、自動的に表示されるスタートアップツールを実行することで、旧バージョンで単語登録した内容をATOK Pro 6に引き継ぐことができます。